Η Λιμνοθάλασσα του Βουθρωτού αντιμετωπίζει σοβαρή υποβάθμιση της ποιότητας των υδάτων της, σύμφωνα με πρόσφατη παρακολούθηση. Το 2022, η λιμνοθάλασσα βρισκόταν σε μεσοτροφική κατάσταση, αλλά το 2023 υποβαθμίστηκε σε ευτροφική, σύμφωνα με την Εθνική Υπηρεσία Περιβάλλοντος.

Η ποιότητα των υδάτων της λιμνοθάλασσας επηρεάζεται επίσης από την παρουσία βαρέων μετάλλων όπως το κάδμιο (Cd) και ο μόλυβδος (Pb), τα οποία παρατηρούνται επίσης στις λιμνοθάλασσες Καραβαστά και Νάρτα, οδηγώντας σε κακή ποιότητα υδάτων.

Η μέτρηση της διαφάνειας στην λιμνοθάλασσα του Βουθρωτού έδειξε μέση τιμή 1,6 μέτρα, γεγονός που δείχνει μεσοτροφική κατάσταση. Ωστόσο, η μέση ετήσια τιμή της χημικής ανάγκης για οξυγόνο κατατάσσει τα ύδατα της λιμνοθάλασσας σε ευτροφική κατάσταση, λόγω της αυξημένης οργανικής περιεκτικότητας. Παρόλο που η περιεκτικότητα σε νιτρικά πληροί τις προϋποθέσεις για ολιγοτροφική ποιότητα, η γενική αξιολόγηση δείχνει ευτροφική κατάσταση.

Οι λιμνοθάλασσες Καραβαστά και Νάρτας αντιμετωπίζουν παρόμοια προβλήματα, καθώς επηρεάζονται από αποθέσεις των ποταμών Σκουμπίν και Σέμαν, αλλά και από τη γεωργική δραστηριότητα στην περιοχή. Η προέλευση των μετάλλων σε αυτές τις λιμνοθάλασσες συνδέεται με τη βιομηχανική ρύπανση που προέρχεται από απορρίψεις στον ποταμό Σκουμπίν.

Η συνεχής παρουσία βαρέων μετάλλων όπως το Cd και το Pb καθ' όλη τη διάρκεια του χρόνου, αποτελεί πηγή ανησυχίας, καθώς η κατανάλωση των προϊόντων των λιμνοθαλασσών μπορεί να εκθέσει τον άνθρωπο σε περιβαλλοντικούς κινδύνους.